教育部在《中小学心理健康教育纲要》中规定，学校心理健康教育的总目标是提高全体学生的心理素质，充分开发他们的潜能，培养学生乐观向上的心理品质，促进学生人格的健全发展。
具体表现为，学校心理健康教育的目标是使学生不断认识自我，增强调控自我、承受挫折、适应环境的能力，培养学生健全的人格和良好的个性心理品质。
如果更进一步解读中学生心理健康教育的目标，可以将学校心理健康教育的目标分为发展性目标，预防性目标和补救性目标三类。
发展性目标是指面向全体学生，以提高学生心理素质，开发其潜能，促进其全面发展为目标实施教育。
预防性目标是指面向全体学生或部分学生，以预防某些问题的发生为目的实施教育。即在问题出现之前做工作，设计具有针对性的心理活动，避免一些心理和行为问题的发生。
补救性目标指面向少数有心理困扰或心理障碍的学生，给予科学有效的心理咨询和辅导，使他们尽快摆脱障碍，提高心理健康水平。
学校心理健康教育要以发展和预防为主补救为辅，不能用建立心理咨询室代替心理健康教育。